La Chiesa di San Pio da Pietrelcina a San Giovanni Rotondo è un imponente santuario progettato dall'architetto Renzo Piano, inaugurato il 1° luglio 2004. Commissionata dai Frati Minori Cappuccini e finanziata principalmente dalle offerte dei pellegrini, la chiesa può ospitare fino a 7.000 persone, rendendola una delle più grandi in Italia.

La struttura si distingue per la sua forma a spirale, ispirata alla spirale di Archimede, con l'altare posto al centro dell'aula liturgica. L'uso innovativo della pietra di Apricena come elemento strutturale e la presenza di 22 archi radiali conferiscono all'edificio un aspetto unico. La chiesa superiore comprende l'aula liturgica, la cappella del Santissimo Sacramento e la sagrestia, mentre la chiesa inferiore ospita la cripta dove, dal 19 aprile 2010, riposano le spoglie di San Pio.

Per chi desidera raggiungere la Chiesa a piedi, il percorso è agevole e ben segnalato. Partendo dal centro di San Giovanni Rotondo, si può seguire Viale Cappuccini, una strada in leggera salita che conduce direttamente al complesso religioso. Il tempo medio di percorrenza è di circa 30-40 minuti.​

È importante notare che l'accesso alla Chiesa e alle aree circostanti è facilitato per tutti i visitatori, inclusi coloro con mobilità ridotta. La cripta, dove riposano le spoglie di San Pio, è facilmente raggiungibile a piedi anche per disabili, senza la necessità di affrontare la scalinata monumentale.